FTP là một phương pháp truyền tập tin có truyền thống phi bảo an (không an toàn), vì theo như bản thiết kế gốc đặc tả của FTP, không có cách nào có thể truyền tải dữ liệu dưới hình thức mật mã hóa được. Ảnh hưởng này có nghĩa là, phần lớn các cài đặt của mạng lưới truyền thông, tên người dùng, mật khẩu, dòng lệnh FTP và tập tin được truyền tải, đều có thể bị người khác trên cùng một mạng lưới, "ngửi" hoặc quan sát, dùng phần mềm phân tích giao thức (protocol analyzer) (hoặc còn gọi là "dụng cụ ngửi dữ liệu", tiếng Anh là "sniffer"). Nên chú ý rằng đây là vấn đề thường thấy ở các giao thức của Internet được thiết kế trước khi SSL (Secure Sockets Layer) ra đời (tạm dịch là giao thức "tầng kết nối bảo mật"), như HTTP, SMTP và Telnet. Giải pháp thường thấy, đối với vấn đề này, là dùng SFTP (Secure Shell File Transfer Protocol - tạm dịch là "giao thức truyền tập tin dùng trình bao bảo mật"), một giao thức dựa trên nền của SSH, hoặc trên FTPS (FTP over SSL). SFTP là FTP được cộng thêm chức năng mã hoá dữ liệu của SSL hoặc TLS (Transport Layer Security - tạm dịch là "Bảo mật tầng giao vận").